Genomic history of the seventh pandemic of cholera in Africa - Centre de Recherche Médicale et Sanitaire (Niamey, Niger)
Article Dans Une Revue Science Année : 2017

Genomic history of the seventh pandemic of cholera in Africa

François-Xavier Weill (1, 2) , Daryl Domman (2) , Elisabeth Njamkepo (1) , Cheryl Tarr (3) , Jean Rauzier (1) , Nizar Fawal (1) , Karen H. Keddy (4, 5) , Henrik Salje (6, 7) , Sandra Moore (8, 9) , Asish Mukhopadhyay (9, 8) , Raymond Bercion (10, 11) , Francisco J. Luquero (12) , Antoinette Ngandjio (13) , Mireille Dosso (14) , Elena Monakhova (15) , Benoit Garin (11) , Christiane Bouchier (16) , Carlo Pazzani (17) , Ankur Mutreja (18, 19) , Roland Grunow (20) , Fati Sidikou (21) , Laurence Bonte (12) , Sebastien Breurec (10) , Maria Damian (22) , Berthe-Marie Njanpop-Lafourcade (23) , Guillaume Sapriel (24, 25) , Anne-Laure Page (12) , Monzer Hamze (26) , Myriam Henkens (27) , Goutam Chowdhury (28) , Martin Mengel (23) , Jean-Louis Koeck (29) , Jean-Michel Fournier (30) , Gordon W Dougan (2, 18) , Patrick A. D. Grimont (31) , Julian Parkhill (2) , Kathryn E. Holt (32) , Renaud Piarroux (8, 9) , Thandavarayan Ramamurthy (19) , Marie Laure Quilici (30) , Nicholas R Thomson (2, 33)
1 BPE - Bactéries pathogènes entériques
2 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
3 CDC - Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta]
4 NICD - National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg]
5 WITS - University of the Witwatersrand [Johannesburg]
6 Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases
7 Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health [Baltimore]
8 TIMONE - Hôpital de la Timone [CHU - APHM]
9 Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2
10 IPB - Institut Pasteur de Bangui
11 Institut Pasteur de Dakar
12 Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières]
13 Centre Pasteur du Cameroun
14 Institut Pasteur de Côte d'Ivoire
15 Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control
16 Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
17 UNIBA - Università degli studi di Bari Aldo Moro = University of Bari Aldo Moro
18 CAM - University of Cambridge [UK]
19 THSTI - Translational Health Science and Technology Institute [Faridabad]
20 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
21 CERMES - Centre de Recherche Médicale et Sanitaire [Niamey, Niger]
22 Institut Cantacuzène - Cantacuzino Institute [Bucarest, Roumania]
23 Agence de Médecine Préventive
24 UVSQ - Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines
25 ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
26 LU / ULB - الجامعة اللبنانية [بيروت] = Lebanese University [Beirut] = Université libanaise [Beyrouth]
27 Médecins Sans Frontières Belgique
28 National Institute of Cholera and Enteric Diseases
29 Hôpital Bouffard - Centre Hospitalier des Armées Bouffard [Djibouti]
30 CNR - Centre National de Référence des Vibrions et du Choléra - National Reference Center Vibrios and Cholera
31 Biodiversité des Bactéries Pathogènes Émergentes
32 University of Melbourne
33 LSHTM - London School of Hygiene and Tropical Medicine
François-Xavier Weill
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Bactéries pathogènes entériques
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Daryl Domman
  • Fonction : Auteur
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Elisabeth Njamkepo
Bactéries pathogènes entériques
Cheryl Tarr
  • Fonction : Auteur
Centers for Disease Control and Prevention [Atlanta]
Jean Rauzier
  • Fonction : Auteur
Bactéries pathogènes entériques
Nizar Fawal
  • Fonction : Auteur
Bactéries pathogènes entériques
Karen H. Keddy
  • Fonction : Auteur
National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg]
University of the Witwatersrand [Johannesburg]
Henrik Salje
Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases
Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health [Baltimore]
Sandra Moore
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1034000
Hôpital de la Timone [CHU - APHM]
Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2
Asish Mukhopadhyay
  • Fonction : Auteur
Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2
Hôpital de la Timone [CHU - APHM]
Raymond Bercion
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 936881
Institut Pasteur de Bangui
Institut Pasteur de Dakar
Francisco J. Luquero
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 965210
Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières]
Antoinette Ngandjio
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 885664
Centre Pasteur du Cameroun
Mireille Dosso
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 933255
Institut Pasteur de Côte d'Ivoire
Elena Monakhova
  • Fonction : Auteur
Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control
Benoit Garin
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 942632
Institut Pasteur de Dakar
Christiane Bouchier
  • Fonction : Auteur
Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Carlo Pazzani
  • Fonction : Auteur
Università degli studi di Bari Aldo Moro = University of Bari Aldo Moro
Ankur Mutreja
  • Fonction : Auteur
University of Cambridge [UK]
Translational Health Science and Technology Institute [Faridabad]
Roland Grunow
  • Fonction : Auteur
Robert Koch Institute [Berlin]
Fati Sidikou
  • Fonction : Auteur
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire [Niamey, Niger]
Laurence Bonte
  • Fonction : Auteur
Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières]
Sebastien Breurec
Institut Pasteur de Bangui
Maria Damian
  • Fonction : Auteur
Institut Cantacuzène - Cantacuzino Institute [Bucarest, Roumania]
Berthe-Marie Njanpop-Lafourcade
  • Fonction : Auteur
Agence de Médecine Préventive
Guillaume Sapriel
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 980019
Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines
Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité
Anne-Laure Page
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 965231
Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières]
Monzer Hamze
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 955455
الجامعة اللبنانية [بيروت] = Lebanese University [Beirut] = Université libanaise [Beyrouth]
Myriam Henkens
  • Fonction : Auteur
Médecins Sans Frontières Belgique
Goutam Chowdhury
  • Fonction : Auteur
National Institute of Cholera and Enteric Diseases
Martin Mengel
  • Fonction : Auteur
Agence de Médecine Préventive
Jean-Louis Koeck
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 942677
Hôpital Bouffard - Centre Hospitalier des Armées Bouffard [Djibouti]
Jean-Michel Fournier
  • Fonction : Auteur
Centre National de Référence des Vibrions et du Choléra - National Reference Center Vibrios and Cholera
Gordon W Dougan
  • Fonction : Auteur
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
University of Cambridge [UK]
Patrick A. D. Grimont
  • Fonction : Auteur
Biodiversité des Bactéries Pathogènes Émergentes
Julian Parkhill
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1021035
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
Kathryn E. Holt
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 964324
University of Melbourne
Renaud Piarroux
Hôpital de la Timone [CHU - APHM]
Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2
Thandavarayan Ramamurthy
  • Fonction : Auteur
Translational Health Science and Technology Institute [Faridabad]
Marie Laure Quilici
Centre National de Référence des Vibrions et du Choléra - National Reference Center Vibrios and Cholera
Nicholas R Thomson
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 968511
The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
London School of Hygiene and Tropical Medicine

Résumé

The seventh cholera pandemic has heavily affected Africa, although the origin and continental spread of the disease remain undefined. We used genomic data from 1070 Vibrio cholerae O1 isolates, across 45 African countries and over a 49-year period, to show that past epidemics were attributable to a single expanded lineage. This lineage was introduced at least 11 times since 1970, into two main regions, West Africa and East/Southern Africa, causing epidemics that lasted up to 28 years. The last five introductions into Africa, all from Asia, involved multidrug-resistant sublineages that replaced antibiotic-susceptible sublineages after 2000. This phylogenetic framework describes the periodicity of lineage introduction and the stable routes of cholera spread, which should inform the rational design of control measures for cholera in Africa.

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Soumis le : dimanche 16 juin 2024-16:41:43

Dernière modification le : mardi 1 octobre 2024-15:26:06

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François-Xavier Weill, Daryl Domman, Elisabeth Njamkepo, Cheryl Tarr, Jean Rauzier, et al.. Genomic history of the seventh pandemic of cholera in Africa. Science, 2017, 358 (6364), pp.785-789. ⟨10.1126/science.aad5901⟩. ⟨pasteur-02045755⟩

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