La Stimulation Electro-Fonctionnelle (SEF) est l'une des solutions technologiques actuellement envisagée pour la réhabilitation de fonctions humaines. Notre système de stimulation électro-fonctionnelle repose sur une architecture de nouvelle génération basée sur des implants distribués «intelligents» : les Unités de Stimulation Réparties (USR). Le concept d'USR s'inscrit dans une architecture basée sur un contrôleur extra-corporel et des unités intelligentes intra-corporelles, qui ne sont pas physiquement reliés. Ce concept d'USR suppose donc une communication sans-fil ; elle repose sur une pile protocolaire à 3 couches : couche Physique, couche d'accès au médium (MAC) et couche Application. Ce rapport de recherche aborde plus particulièrement la couche Application et son implantation sur composant FPGA.