Nous présentons ici une méthode pour comparer des séquences sous un modèle incluant deux opérations spécifiques, l’amplification, un ́ev ́enement qui ajoute un motif copié à côté de l’original, et a` l’ ́ev ́enement inverse, la contraction. Nous proposons un algorithme pour trouver l’alignement optimal entre deux s ́equences qui combine programmation dynamique et recherche de stable max dans un graphe. Cet algorithme donne un score d’alignement qui est une distance métrique. Nous pouvons appliquer ce travail a` des séquences génétiques evoluant selon ce mode particulier, de mani`ere à reconstruire des relations évolutives entre individus ou populations.