OrderGeneMiner : Logiciel pour l'extraction et la visualisation de motifs partiellement ordonnés à partir de puces à ADN - LIRMM - Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier Access content directly
Other Publications Year : 2013

OrderGeneMiner : Logiciel pour l'extraction et la visualisation de motifs partiellement ordonnés à partir de puces à ADN

Abstract

Le Virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH) est actuellement un problème majeur de santé publique. Depuis l'identification du VIH, plus de 20 millions de personnes ont été identifiées. Le VIH continue de ravager les populations dans le monde entier avec 3 millions de nouvelles infections par an. Contrairement au cancer, les approches de biologie intégrative sont toujours rares dans le domaine de la lutte contre le HIV. Dans cet article, nous proposons de contribuer au développement d'une telle stratégie, en présentant un logiciel de fouille de données qui va permettre d'appliquer les concepts de motifs séquentiels et de motifs partiellement ordonnés aux données de puces à ADN. Ce logiciel se focalise sur les besoins des biologistes: 1) permet à l'expert d'intéragir dans le processus d'extraction des motifs; 2) offre une visualisation des motifs extrait sous la forme d'un graphe coloré qui résume un ensemble de motifs séquentiels. Il en résulte une visualisation plus compacte et simple qui facilite l'interprétation des experts.
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Dates and versions

lirmm-00802709 , version 1 (20-03-2013)

Identifiers

  • HAL Id : lirmm-00802709 , version 1

Cite

Mickaël Fabrègue, Agnès Braud, Sandra Bringay, Florence Le Ber, Charles-Henri Lecellier, et al.. OrderGeneMiner : Logiciel pour l'extraction et la visualisation de motifs partiellement ordonnés à partir de puces à ADN. 2013. ⟨lirmm-00802709⟩
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