Une approche populaire pour l'inférence phylogénétique consiste à estimer une matrice de distances évolutives entre paires de taxons, et ensuite à utiliser ces informations pour inférer leur arbre phylogénétique. Dans ce chapitre, nous expliquerons d'abord comment les distances doivent être définies et estimées, et ensuite nous nous concentrerons sur la tâche consistant à construire un arbre phylogénétique qui correspond bien aux distances estimées. Plus précisément, nous soulignerons les propriétés que les distances doivent satisfaire en principe, et les principales approches classiques d'inférence d'arbres, les moindres carrés et le minimum d'évolution. Enfin, nous nous concentrerons sur les méthodes plus connues, en particulier neighbor joining et un large éventail d'algorithmes qui s'en inspirent.