Automatic extraction of semantic information in the radiologic reports for search in of medical imaging
Indexation et apprentissage de termes et de relations à partir de comptes rendus de radiologie
Résumé
In the medical field, the computerization of health professions and development of the personal medical file (DMP) results in a fast increase in the volume of medical digital information. The need to convert and manipulate all this information in a structured form is a major challenge. This is the starting point for the development of appropriate tools where the methods from the natural language processing (NLP) seem well suited.The work of this thesis are within the field of analysis of medical documents and address the issue of representation of biomedical information (especially the radiology area) and its access. We propose to build a knowledge base dedicated to radiology within a general knowledge base (lexical-semantic network JeuxDeMots). We show the interest of the hypothesis of no separation between different types of knowledge through a document analysis. This hypothesis is that the use of general knowledge, in addition to those specialties, significantly improves the analysis of medical documents.At the level of lexical-semantic network, manual and automated addition of meta information on annotations (frequency information, pertinence, etc.) is particularly useful. This network combines weight and annotations on typed relationships between terms and concepts as well as an inference mechanism which aims to improve quality and network coverage. We describe how from semantic information in the network, it is possible to define an increase in gross index built for each records to improve information retrieval. We present then a method of extracting semantic relationships between terms or concepts. This extraction is performed using lexical patterns to which we added semantic constraints.The results show that the hypothesis of no separation between different types of knowledge to improve the relevance of indexing. The index increase results in an improved return while semantic constraints improve the accuracy of the relationship extraction.
Dans le domaine médical, l'informatisation des professions de santé et le développement du dossier médical personnel (DMP) entraîne une progression rapide du volume d'information médicale numérique. Le besoin de convertir et de manipuler toute ces informations sous une forme structurée constitue un enjeu majeur. C'est le point de départ de la mise au point d'outils d'interrogation appropriés pour lesquels, les méthodes issues du traitement automatique du langage naturel (TALN) semblent bien adaptées. Les travaux de cette thèse s'inscrivent dans le domaine de l'analyse de documents médicaux et traitent de la problématique de la représentation de l'information biomédicale (en particulier du domaine radiologique) et de son accès. Nous proposons de construire une base de connaissance dédiée à la radiologie à l'intérieur d'une base de connaissance générale (réseau lexico-sémantique JeuxDeMots). Nous montrons l'intérêt de l'hypothèse de non séparation entre les différents types de connaissances dans le cadre d'une analyse de documents. Cette hypothèse est que l'utilisation de connaissances générales, en plus de celles de spécialités, permet d'améliorer significativement l'analyse de documents médicaux.Au niveau du réseau lexico-sémantique, l'ajout manuel et automatisé des méta-informations sur les annotations (informations fréquentielles, de pertinences, etc) est particulièrement utile. Ce réseau combine poids et annotations sur des relations typées entre des termes et des concepts ainsi qu'un mécanisme d'inférence dont l'objet est d'améliorer la qualité et la couverture du réseau. Nous décrivons comment à partir d'informations sémantiques présentes dans le réseau, il est possible de définir une augmentation des index bruts construits pour chaque comptes rendus afin d'améliorer la recherche documentaire. Nous présentons, ensuite, une méthode d'extraction de relations sémantiques entre des termes ou concepts. Cette extraction est réalisée à l'aide de patrons linguistiques auxquels nous avons rajouté des contraintes sémantiques.Les résultats des évaluations montrent que l'hypothèse de non séparation entre les différents types de connaissances améliorent la pertinence de l'indexation. L'augmentation d'index permet une amélioration du rappel alors que les contraintes sémantiques améliorent la précision de l'extraction de relations.
Origine : Version validée par le jury (STAR)
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