Management of fishing resources from the Upper-Maroni : impact of fishing pressure and life history traits on within and between populations genetic diversity
Gestion des ressources halieutiques du Haut-Maroni : impacts des pratiques de pêche et des traits d'histoire de vie des espèces sur la diversité génétique intra et inter-populations
Résumé
In French Guiana, the Maroni watershed represents an essential everyday life support for native human communities. During past decades, upheavals in fishing practices have raised concerns about their impact on fish populations. Using a comparative genetics approach, this thesis focuses on the influence of fishing pressure on genetic diversity of several species with contrasting fishing interest. We developed molecular resources for 18 species sampled across the Maroni through the application of an original protocol combining high throughput sequencing and a bioinformatic pipeline. Comparing 12 sites subject or not to daily fishing pressure, we show that the dendritic spatial structure of the watershed and habitat quality are the main factors explaining local genetic diversity, especially for species with limited dispersal abilities.In most cases, we observe no local genetic erosion associated with fishing pressure, suggesting its impact to be either negligible, too recent to be detected, or counterbalanced by compensatory gene flow at a higher spatial scale. A theoretical approach, based on computer simulations, was initiated to evaluate medium-term influence of a geographically restrained fishing pressure on global patterns of genetic variability in dendritic river networks. Together, these comparative approaches between sites and species highlight the need for vigilance in order to favor a sustainable use of fishing resources.
En Guyane française, le bassin versant du Maroni représente un support de vie essentiel pour les populations humaines locales. Au cours des dernières décennies, des bouleversements dans les pratiques de pêche de subsistance posent la question de leur impact sur les populations de poissons. Par une approche de génétique comparative des populations, cette thèse s’intéresse à l’influence de la pression de pêche sur la diversité génétique chez plusieurs espèces plus ou moins exploitées. Nous avons mis au point des ressources moléculaires pour 18 espèces échantillonnées sur le Maroni via l’application d’un protocole original combinant séquençage à haut-débit et un pipeline bioinformatique. En comparant 12 sites soumis ou non à une pression de pêche quotidienne, nous constatons que la structure spatiale dendritique du bassin versant et la qualité de l’habitat constituent les principaux facteurs explicatifs de la diversité génétique locale,notamment chez les espèces à capacité de dispersion limitée. Dans la majorité des cas, nous n’observons pas de réduction locale de diversité génétique liée à la pêche, suggérant un impact négligeable ou trop récent pour être détectable, ou encore contrebalancé par des flux de gènes compensatoires à plus grande échelle spatiale. Une approche théorique, basée sur les outils de simulation, a été amorcée pour évaluer l’influence à moyen-terme d’une pression de pêche géographiquement localisée sur les patrons généraux de variabilité génétique au sein des réseaux hydrographiques dendritiques. Néanmoins, l’approche comparative entre sites et entre es
Origine : Version validée par le jury (STAR)
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