Modelling Protein Evolution

Olivier Gascuel 1, *
* Auteur correspondant
1 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Abstract : I'll describe our recent efforts to model protein evolution and amino-acid substitutions by (1) designing an easy to use pipeline to estimate amino-acid replacement matrices for specific protein groups, (2) using the protein structure, (3) simplifying mixture models that have been proposed so far. I'll discuss several issues related to models (e.g. complexity trade-off), biology (e.g. independence of nucleotide mutations) and theory (e.g. identifiability, prediction of ancestral sequences).
Type de document :
Communication dans un congrès
Phylogenetics: New data, New Phylogenetic Challenges, Isaac Newton Institute, Cambridge, United Kingdom. 2011, 〈http://www.newton.ac.uk/programmes/PLG/plgw05.html〉
Liste complète des métadonnées

https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00715595
Contributeur : Olivier Gascuel <>
Soumis le : dimanche 8 juillet 2012 - 18:52:20
Dernière modification le : jeudi 24 mai 2018 - 15:59:22

Identifiants

  • HAL Id : lirmm-00715595, version 1

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Citation

Olivier Gascuel. Modelling Protein Evolution. Phylogenetics: New data, New Phylogenetic Challenges, Isaac Newton Institute, Cambridge, United Kingdom. 2011, 〈http://www.newton.ac.uk/programmes/PLG/plgw05.html〉. 〈lirmm-00715595〉

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