An Efficient Algorithm for Gene/Species Trees Parsimonious Reconciliation with Losses, Duplications and Transfers

Jean-Philippe Doyon 1 Celine Scornavacca 2 Yu Gorbunov 3 Gergely Szöllősi 4 Vincent Ranwez 5 Vincent Berry 6, *
* Auteur correspondant
1 LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
2 Center for Bioinformatics (ZBIT)
3 IITP - Institute for Information Transmission Problems
4 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
5 ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
6 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Abstract : Tree reconciliation methods aim at estimating the evolutionary events that cause discrepancy between gene trees and species trees. We provide a discrete computational model that considers duplications, transfers and losses of genes. The model yields a fast and exact algorithm to infer time consistent and most parsimonious reconciliations. Then we study the conditions under which parsimony is able to accurately infer such events. Overall, it performs well even under realistic rates, transfers being in general less accurately recovered than duplications. An implementation is freely available at http://www.atgc-montpellier.fr/MPR.
Type de document :
Communication dans un congrès
Eric Tannier. RECOMB'10: Comparative Genomics, Oct 2010, Ottawa, Canada. Springer Berlin Heidelberg, 6398 (6398), pp.93-108, 2010, LNCS. 〈http://recombcg.uottawa.ca/recombcg2010/〉. 〈10.1007/978-3-642-16181-0_9〉
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [17 références]  Voir  Masquer  Télécharger
https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00818889
Contributeur : Vincent Berry <>
Soumis le : lundi 29 avril 2013 - 15:07:31
Dernière modification le : jeudi 28 juin 2018 - 14:37:44
Document(s) archivé(s) le : lundi 19 août 2013 - 09:50:17

Fichier

camera-ready_accepted_by_all.p...
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

Collections

INRIA | ISEM | IRD | BIOENVIS | MAB | AGROPOLIS | LIRMM | MIPS | B3ESTE | UNIV-MONTPELLIER | UNIV-LYON1

Citation

Jean-Philippe Doyon, Celine Scornavacca, Yu Gorbunov, Gergely Szöllősi, Vincent Ranwez, et al.. An Efficient Algorithm for Gene/Species Trees Parsimonious Reconciliation with Losses, Duplications and Transfers. Eric Tannier. RECOMB'10: Comparative Genomics, Oct 2010, Ottawa, Canada. Springer Berlin Heidelberg, 6398 (6398), pp.93-108, 2010, LNCS. 〈http://recombcg.uottawa.ca/recombcg2010/〉. 〈10.1007/978-3-642-16181-0_9〉. 〈lirmm-00818889〉

Exporter

BibTeX TEI DC DCterms EndNote

Partager

Métriques

Consultations de la notice

515

Téléchargements de fichiers

588

Contact

support.ccsd.cnrs.fr
hal.support@ccsd.cnrs.fr
Logo CCSD