Recherche de motifs de régulation à l'aide de donner d'expression - LIRMM - Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2014

Recherche de motifs de régulation à l'aide de donner d'expression

Résumé

L’identification de motifs de régulation constitue l’une des plus anciennes probl ́ematiques de recherche en bioinformatique, et de nombreuses m ́ethodes ont ́et ́e propos ́ees. Les m ́ethodes les plus classiques utilisent un mod`ele de background probabiliste et cherchent des motifs sur-repr ́esent ́es au sens de ce mod`ele, dans un en- semble pr ́ed ́etermin ́e de s ́equences. Plus récemment, de nouvelles approches utilisant des mesures d’expression de gènes ont été proposées. Ces algorithmes cherchent des motifs dont la pr ́esence est corr ́el ́ee `a l’expression des g`enes. Un des avantages est que l’on s’affranchit alors de la n ́ecessit ́e d’un mod`ele de background. Apr`es un tour d’horizon g ́en ́eral des approches propos ́ees pour l’identification de motifs, je présenterai la méthode RED2 qui guide sa recherche en utilisant la notion de densité de motifs dans l’espace d’expression.
Fichier non déposé

Dates et versions

lirmm-01397396 , version 1 (15-11-2016)

Identifiants

  • HAL Id : lirmm-01397396 , version 1

Citer

Laurent Brehelin. Recherche de motifs de régulation à l'aide de donner d'expression. SeqBio, Nov 2014, Montpellier, France. ⟨lirmm-01397396⟩
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