Recherche de motifs de régulation à l'aide de donner d'expression

Laurent Brehelin 1
1 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Résumé : L’identification de motifs de régulation constitue l’une des plus anciennes probl ́ematiques de recherche en bioinformatique, et de nombreuses m ́ethodes ont ́et ́e propos ́ees. Les m ́ethodes les plus classiques utilisent un mod`ele de background probabiliste et cherchent des motifs sur-repr ́esent ́es au sens de ce mod`ele, dans un en- semble pr ́ed ́etermin ́e de s ́equences. Plus récemment, de nouvelles approches utilisant des mesures d’expression de gènes ont été proposées. Ces algorithmes cherchent des motifs dont la pr ́esence est corr ́el ́ee `a l’expression des g`enes. Un des avantages est que l’on s’affranchit alors de la n ́ecessit ́e d’un mod`ele de background. Apr`es un tour d’horizon g ́en ́eral des approches propos ́ees pour l’identification de motifs, je présenterai la méthode RED2 qui guide sa recherche en utilisant la notion de densité de motifs dans l’espace d’expression.
Type de document :
Communication dans un congrès
SeqBio, Nov 2014, Montpellier, France. Journées COMATEGE-SeqBio, 2014, 〈http://gdr-bim.cnrs.fr/seqbio2014/〉
Liste complète des métadonnées

https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01397396
Contributeur : Isabelle Gouat <>
Soumis le : mardi 15 novembre 2016 - 17:39:43
Dernière modification le : jeudi 24 mai 2018 - 15:59:22

Identifiants

  • HAL Id : lirmm-01397396, version 1

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Laurent Brehelin. Recherche de motifs de régulation à l'aide de donner d'expression. SeqBio, Nov 2014, Montpellier, France. Journées COMATEGE-SeqBio, 2014, 〈http://gdr-bim.cnrs.fr/seqbio2014/〉. 〈lirmm-01397396〉

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