Ce rapport décrit les structures de connaissances permettant de représenter des annotations sémantiques de documents (et plus généralement d'extraits d'un corpus de documents), propose un modèle d'annotation ainsi qu'une méthodologie basée sur la dénition d'une charte d'annotation, et présente l'atelier logiciel associé. L'approche proposée repose sur l'élaboration d'un modèle d'annotation multidimensionnel des documents permettant de contextualiser les diérentes annotations et utilise le formalisme des graphes conceptuels. L'atelier exploite l'outil CoGITaNT implémentant les raisonnements dans ce formalisme et le nouvel outil CoGUI d'édition graphique des éléments de ce modèle. COGUI se décline en 3 outils : l'éditeur de modèle qui permet de dénir un vocabulaire conceptuel d'annotation et d'élaborer une charte d'annotation permettant de guider l'annotateur, l'outil d'annotation qui exploite ce modèle pour guider et faciliter la construction des annotations, et l'outil de requêtage permettant d'interroger la base d'annotations. Cogitant fournit des fonctions de manipulation des objets du modèle, et ore un accès à distance à ces fonctions, ce qui permet de centraliser le stockage de la base et déporter les opérations lourdes sur un serveur central. CoGUI utilise Cogitant pour le stockage et les mécanismes de raisonnement, en particulier le contrôle de cohérence et l'interrogation.