Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions

Sèverine Bérard 1 Eric Rivals 1
1 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Résumé : Nous présentons ici une méthode pour comparer des séquences sous un modèle incluant deux opérations spécifiques, l’amplification, un ́ev ́enement qui ajoute un motif copié à côté de l’original, et a` l’ ́ev ́enement inverse, la contraction. Nous proposons un algorithme pour trouver l’alignement optimal entre deux s ́equences qui combine programmation dynamique et recherche de stable max dans un graphe. Cet algorithme donne un score d’alignement qui est une distance métrique. Nous pouvons appliquer ce travail a` des séquences génétiques evoluant selon ce mode particulier, de mani`ere à reconstruire des relations évolutives entre individus ou populations.
Type de document :
Communication dans un congrès
ROADEF'03: Congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, 2003, Avignon, France. pp.169-170, 2003
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [2 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00269459
Contributeur : Christine Carvalho de Matos <>
Soumis le : jeudi 3 avril 2008 - 08:12:10
Dernière modification le : jeudi 24 mai 2018 - 15:59:22
Document(s) archivé(s) le : vendredi 21 mai 2010 - 01:13:58

Fichier

D131.PDF
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

  • HAL Id : lirmm-00269459, version 1

Collections

Citation

Sèverine Bérard, Eric Rivals. Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions. ROADEF'03: Congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, 2003, Avignon, France. pp.169-170, 2003. 〈lirmm-00269459〉

Partager

Métriques

Consultations de la notice

309

Téléchargements de fichiers

62