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Conference papers

Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions

Sèverine Bérard 1 Eric Rivals 1
1 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Résumé : Nous présentons ici une méthode pour comparer des séquences sous un modèle incluant deux opérations spécifiques, l’amplification, un ́ev ́enement qui ajoute un motif copié à côté de l’original, et a` l’ ́ev ́enement inverse, la contraction. Nous proposons un algorithme pour trouver l’alignement optimal entre deux s ́equences qui combine programmation dynamique et recherche de stable max dans un graphe. Cet algorithme donne un score d’alignement qui est une distance métrique. Nous pouvons appliquer ce travail a` des séquences génétiques evoluant selon ce mode particulier, de mani`ere à reconstruire des relations évolutives entre individus ou populations.
Document type :
Conference papers
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00269459
Contributor : Christine Carvalho de Matos <>
Submitted on : Thursday, April 3, 2008 - 8:12:10 AM
Last modification on : Thursday, May 24, 2018 - 3:59:22 PM
Long-term archiving on: : Friday, May 21, 2010 - 1:13:58 AM

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D131.PDF
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  • HAL Id : lirmm-00269459, version 1

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Citation

Sèverine Bérard, Eric Rivals. Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions. ROADEF'03: Congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, 2003, Avignon, France. pp.169-170. ⟨lirmm-00269459⟩

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