Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions - LIRMM - Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier Access content directly
Conference Papers Year : 2003

Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions

Abstract

Nous présentons ici une méthode pour comparer des séquences sous un modèle incluant deux opérations spécifiques, l’amplification, un ́ev ́enement qui ajoute un motif copié à côté de l’original, et a` l’ ́ev ́enement inverse, la contraction. Nous proposons un algorithme pour trouver l’alignement optimal entre deux s ́equences qui combine programmation dynamique et recherche de stable max dans un graphe. Cet algorithme donne un score d’alignement qui est une distance métrique. Nous pouvons appliquer ce travail a` des séquences génétiques evoluant selon ce mode particulier, de mani`ere à reconstruire des relations évolutives entre individus ou populations.
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Dates and versions

lirmm-00269459 , version 1 (03-04-2008)

Identifiers

  • HAL Id : lirmm-00269459 , version 1

Cite

Sèverine Bérard, Eric Rivals. Comparaison de Séquences avec Amplifications et Contractions. ROADEF 2003 - 4e Congrès de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, 2003, Avignon, France. pp.169-170. ⟨lirmm-00269459⟩
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