Une approche phylo-HMM pour la recherche de séquences

Jean-Baka Domelevo Entfellner 1, * Olivier Gascuel 2
* Auteur correspondant
2 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Abstract : We introduce a new type of phylogenetic Hidden Markov Model, combining the strength of usual HMM and the knowledge of the phylogeny of a family of sequences.We use such models to look into the genome of a target species for members of the sequence family. Our results on some 690 protein families show a better sensitivity and a better specificity when compared to standard profile HMM or Blast searchs.
Type de document :
Communication dans un congrès
Jacques van Helden & Yves Moreau. JOBIM'08 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, Jun 2008, Lille, France, 408, pp.133-139, 2008, 〈http://www2.lifl.fr/jobim2008/〉
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Contributeur : Jean-Baka Domelevo Entfellner <>
Soumis le : jeudi 25 septembre 2008 - 09:47:12
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:26:13
Document(s) archivé(s) le : jeudi 3 juin 2010 - 19:49:23

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Jean-Baka Domelevo Entfellner, Olivier Gascuel. Une approche phylo-HMM pour la recherche de séquences. Jacques van Helden & Yves Moreau. JOBIM'08 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématiques, Jun 2008, Lille, France, 408, pp.133-139, 2008, 〈http://www2.lifl.fr/jobim2008/〉. 〈lirmm-00324451〉

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