A New Phylo-HMM Paradigm to Search for Sequences

Jean-Baka Domelevo Entfellner 1, * Olivier Gascuel 2
* Auteur correspondant
1 LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
2 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Abstract : We introduce a new type of phylogenetic Hidden Markov Model, combining the strength of usual HMM and the knowledge of the phylogeny of a family of sequences. We use such models to look into the genome of a target species for members of the sequence family. Our results on some 690 protein families show a better sensitivity and a better specificity when compared to standard profile HMM or Blast searchs.
Keywords : homology Genomics sequences HMM phylo-HMM phylogeny models
Type de document :
Communication dans un congrès
MIEP: Mathematics and Informatics in Evolution and Phylogeny, Jun 2008, Saint Martin de Londres, France. 2008, 〈http://www.lirmm.fr/miep08/〉
Liste complète des métadonnées
https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00324458
Contributeur : Jean-Baka Domelevo Entfellner <>
Soumis le : jeudi 25 septembre 2008 - 10:00:02
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:26:12

Identifiants

  • HAL Id : lirmm-00324458, version 1

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MAB | LIRMM | MIPS | UNIV-MONTPELLIER

Citation

Jean-Baka Domelevo Entfellner, Olivier Gascuel. A New Phylo-HMM Paradigm to Search for Sequences. MIEP: Mathematics and Informatics in Evolution and Phylogeny, Jun 2008, Saint Martin de Londres, France. 2008, 〈http://www.lirmm.fr/miep08/〉. 〈lirmm-00324458〉

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