A Graph Constraints Formulation for Contigs Scaffolding - LIRMM - Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Communication Dans Un Congrès Année : 2016

A Graph Constraints Formulation for Contigs Scaffolding

Eric Bourreau
Methods, Algorithms for Operations REsearch
CV
Annie Chateau
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
CV
Clément Dallard
Methods, Algorithms for Operations REsearch
Rodolphe Giroudeau
Methods, Algorithms for Operations REsearch
CV

Résumé

This paper presents a constraint-based approach for genome scaffolding, which is one important step in genome whole sequence pro- duction. We model it as an optimization problem on a graph built from a paired-end reads mapping on contigs. We describe our constraint model using a graph variable representation with classical graph constraints. We tested our approach together with several search strategies, on a benchmark of various genomes.

Domaines

Recherche opérationnelle [math.OC]
Fichier principal
Vignette du fichier
wcb2016-proceedings pages 138 - 150.pdf (642.97 Ko) Télécharger le fichier
Origine Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte

Rodolphe Giroudeau  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01360463

Soumis le : lundi 5 septembre 2016-18:54:22

Dernière modification le : vendredi 24 mars 2023-14:53:02

Archivage à long terme le : mardi 6 décembre 2016-13:57:41

Télécharger pour visualiser

Dates et versions

lirmm-01360463 , version 1 (05-09-2016)

Identifiants

  • HAL Id : lirmm-01360463 , version 1

Citer

Eric Bourreau, Annie Chateau, Clément Dallard, Rodolphe Giroudeau. A Graph Constraints Formulation for Contigs Scaffolding. WCB: Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, Sep 2016, Toulouse, France. pp.136-149. ⟨lirmm-01360463⟩

Exporter

BibTeX XML-TEI Dublin Core DC Terms EndNote DataCite

Collections

CNRS MAB MAORE LIRMM MIPS UNIV-MONTPELLIER
193 Consultations
228 Téléchargements

Partager

More