A Graph Constraints Formulation for Contigs Scaffolding

Rodolphe Giroudeau 1 Annie Château 2 Clément Dallard 1 Eric Bourreau 1
1 MAORE - Méthodes Algorithmes pour l'Ordonnancement et les Réseaux
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
2 MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Abstract : This paper presents a constraint-based approach for genome scaffolding, which is one important step in genome whole sequence pro- duction. We model it as an optimization problem on a graph built from a paired-end reads mapping on contigs. We describe our constraint model using a graph variable representation with classical graph constraints. We tested our approach together with several search strategies, on a benchmark of various genomes.
Mots-clés : Méthode exacte Contraintes Tests
Type de document :
Communication dans un congrès
WCB: Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, Sep 2016, Toulouse, France. 12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, pp.136-149, 2016
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Contributeur : Rodolphe Giroudeau <>
Soumis le : lundi 5 septembre 2016 - 18:54:22
Dernière modification le : jeudi 24 mai 2018 - 15:59:22
Document(s) archivé(s) le : mardi 6 décembre 2016 - 13:57:41

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wcb2016-proceedings pages 138 ...
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Citation

Rodolphe Giroudeau, Annie Château, Clément Dallard, Eric Bourreau. A Graph Constraints Formulation for Contigs Scaffolding. WCB: Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, Sep 2016, Toulouse, France. 12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, pp.136-149, 2016. 〈lirmm-01360463〉

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