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HAL-LIRMM - Open Archive |  |
Journal articles
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees
Wandrille Duchemin
1, 2
Guillaume Gence
1
Anne-Muriel Arigon Chifolleau
3
Lars Arvestad
4
Mukul Bansal
5
Vincent Berry
3
Bastien Boussau
1
François Chevenet
6
Nicolas Comte
2
Adrián Davín
6
Christophe Dessimoz
7
David Dylus
8
Damir Hasic
9
Diego Mallo
10
Rémi Planel
1
David Posada
11
Celine Scornavacca
12
Gergely Szöllősi
1
Louxin Zhang
13
Eric Tannier
1, 2
Vincent Daubin
1
2
BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558, Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information
3
MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Wandrille Duchemin 1, 2
Author
Guillaume Gence 1
Author
Anne-Muriel Arigon Chifolleau 3
Mail : Site :
Author IdHAL : anne-muriel-arigon-chifolleau
Lars Arvestad 4
Author
Mukul Bansal 5
Author
Vincent Berry 3
Mail : Site :
Author IdHAL : vincent-berry
Bastien Boussau 1
Mail :
Author IdHAL : bastienboussau ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0776-4460
François Chevenet 6
Mail :
Author IdHAL : francois-chevenet ORCID : https://orcid.org/0000-0003-2622-6596
Celine Scornavacca 12
Mail :
Author IdHAL : celine-scornavacca
Gergely Szöllősi 1
Mail :
Author
Louxin Zhang 13
Author
Eric Tannier 1, 2
Mail :
Author IdHAL : eric-tannier ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3681-7536
Vincent Daubin 1
Mail :
Author IdHAL : vincent-daubin ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8269-9430
1
BPGE - Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
2
BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology (Antenne INRIA Lyon la Doua Bâtiment CEI-1 66 Boulevard Niels Bohr 69603 Villeurbanne - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France)
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France)
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
3
MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (France)
- LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (161 rue Ada - 34095 Montpellier - France)
- UM - Université de Montpellier : UMR5506 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5506 (France)
4
Science for Life Laboratory [Solna] (PO Box 1031 17121 Solna, Sweden - Sweden)
- KTH - Royal Institute of Technology [Stockholm] (SE-100 44, Stockholm, Sweden - Sweden)
5
UCONN - University of Connecticut (44 Weaver Road, Unit 5233, Storrs, CT 06269-5233, USA - United States)
6
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
7
Department of Computer Science (Switzerland)
8
SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (Quartier UNIL-Sorge Bâtiment Génopode CH-1015 Lausanne - Switzerland)
- UNIL - Université de Lausanne (CH-1015 Lausanne - Switzerland)
9
University of Sarajevo (UNIVERZITET U SARAJEVU Obala Kulina Bana br 7/II 71 000 SARAJEVO - Bosnia and Herzegovina)
- UNIVERZITET U SARAJEVU (UNIVERSITY OF SARAJEVO Obala Kulina Bana br 7/II 71 000 SARAJEVO, BOSNA I HERCEGOVINA - Bosnia and Herzegovina)
10
ASU - Arizona State University [Tempe] (325 E Apache Blvd, Tempe, AZ 85281, États-Unis - United States)
11
Universidate de Vigo (Campus Universitario, s/n, 36310 Vigo, Pontevedra - Spain)
12
UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (Place E. Bataillon CC 064 34095 Montpellier Cedex 05 - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR116 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- EPHE - École pratique des hautes études (4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris - France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5554 (France)
13
Department of Mathematics [Singapore] (National University of Singapore 21 Lower Kent Ridge Road, Singapore 119077 - Singapore)
- NUS - National University of Singapore (21 Lower Kent Ridge Rd, Singapour 119077 - Singapore)
Abstract : Motivation : A reconciliation is an annotation of the nodes of a gene tree with evolutionary events—for example, speciation, gene duplication, transfer, loss, etc—along with a mapping onto a species tree. Many algorithms and software produce or use reconciliations but often using different reconciliation formats, regarding the type of events considered or whether the species tree is dated or not. This complicates the comparison and communication between different programs.Results : Here, we gather a consortium of software developers in gene tree species tree reconciliation to propose and endorse a format that aims to promote an integrative—albeit flexible—specification of phylogenetic reconciliations. This format, named recPhyloXML, is accompanied by several tools such as a reconciled tree visualizer and conversion utilities.
Domain :
Complete list of metadatas
https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01800296
Contributor : Anne-Muriel Arigon Chifolleau <>
Submitted on : Friday, May 25, 2018 - 5:02:31 PM
Last modification on : Monday, March 9, 2020 - 9:38:01 AM
Document(s) archivé(s) le : Sunday, August 26, 2018 - 2:35:38 PM
Contributor : Anne-Muriel Arigon Chifolleau <>
Submitted on : Friday, May 25, 2018 - 5:02:31 PM
Last modification on : Monday, March 9, 2020 - 9:38:01 AM
Document(s) archivé(s) le : Sunday, August 26, 2018 - 2:35:38 PM
File
bty389.pdf
Publisher files allowed on an open archive
Licence
Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Identifiers
- HAL Id : lirmm-01800296, version 1
- DOI : 10.1093/bioinformatics/bty389
Collections
Citation
Wandrille Duchemin, Guillaume Gence, Anne-Muriel Arigon Chifolleau, Lars Arvestad, Mukul Bansal, et al.. RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (21), pp.3646-3652. ⟨10.1093/bioinformatics/bty389⟩. ⟨lirmm-01800296⟩
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