dipwmsearch: a python package for searching di-PWM motifs - LIRMM - Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Software Year : 2021

dipwmsearch: a python package for searching di-PWM motifs

dipwmsearch : un paquetage python pour la recherche de motifs di-PWM

Marie Mille
  • Function : Author
  • PersonId : 1117720
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
Julie Ripoll
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
Bastien Cazaux
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
CV
Eric Rivals
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
CV

Abstract

This package provides efficient functions to search for one kind of probabilistic motifs known as di-nucleotidic Position Weight Matrices (di-PWMs) in a genomic sequence. The genomic sequence may contain positions with non-ATGC symbols, encoded with IUPAC.

Domains

Bioinformatics [q-bio.QM]

Cathy Tuchming  : Connect in order to contact the contributor

https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-04395771

Submitted on : Monday, January 15, 2024-5:03:24 PM

Last modification on : Friday, February 2, 2024-3:32:27 AM

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Dates and versions

lirmm-04395771 , version 1 (15-01-2024)

Identifiers

Metadata

  • version : 0.1.7
  • Software License : https://spdx.org/licenses/CECILL-B
  • Programming Language : Python 3 , AWK , makefile
  • Code Repository : https://gite.lirmm.fr/rivals/dipwmsearch
  • Platform/OS : Linux, Unix sytems and Mac OSX systems

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