dipwmsearch: a python package for searching di-PWM motifs - LIRMM - Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Logiciel Année : 2021

dipwmsearch: a python package for searching di-PWM motifs

dipwmsearch : un paquetage python pour la recherche de motifs di-PWM

Marie Mille
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1117720
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
Julie Ripoll
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
Bastien Cazaux
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
CV
Eric Rivals
Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
CV

Résumé

This package provides efficient functions to search for one kind of probabilistic motifs known as di-nucleotidic Position Weight Matrices (di-PWMs) in a genomic sequence. The genomic sequence may contain positions with non-ATGC symbols, encoded with IUPAC.

Domaines

Bio-informatique [q-bio.QM]

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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-04395771

Soumis le : lundi 15 janvier 2024-17:03:24

Dernière modification le : vendredi 2 février 2024-03:32:27

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Dates et versions

lirmm-04395771 , version 1 (15-01-2024)

Identifiants

Métadonnées

  • version : 0.1.7
  • Licences : https://spdx.org/licenses/CECILL-B
  • Langage de programmation : Python 3 , AWK , makefile
  • Code Repository : https://gite.lirmm.fr/rivals/dipwmsearch
  • Platform/OS : Linux, Unix sytems and Mac OSX systems

Citer

Exporter

CodeMeta BibTeX XML-TEI Dublin Core DC Terms EndNote DataCite

Collections

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