Les recherches que nous présentons dans ce mémoire s’inscrivent dans le cadre des problématiques d’intégration de données hétérogènes en génomique fonctionnelle végétale. La génomique fonctionnelle se définit en biologie comme un cadre dans lequel plusieurs disciplines et techniques participent à la découverte de la fonction des gènes. Elle génère un volume important de données que les scientifiques gèrent de manières diverses. Or de nombreuses sources de données, qu’elles soient complémentaires ou chevauchantes, sont nécessaires pour enrichir les informations sur la fonction des gènes. Le problème est qu’elles sont stockées de manière distribuées, autonomes avec plusieurs niveaux d’hétérogénéité, laissant le biologiste chercher l’information et intégrer les résultats manuellement. L’objectif de cette thèse est de permettre aux scientifiques d’accéder de manière transparente aux informations issues de plusieurs sources de données de génomique fonctionnelle. Pour cela nous nous proposons d’aborder deux approches afin d’en évaluer les avantages et les inconvénients. Premièrement nous proposons l’intégration de sources à travers l’adaptation d’un système de médiation de données et de programmes : Le Select. Successeur de DISCO, Le Select permet l’intégration de sources de données hétérogènes et distribuées avec un modèle pivot relationnel. Deuxièmement, nous proposons la création d’un environnement utilisateur personnalisé intégrant les sources à travers des enchaînements de services Web. Ce système est basé sur l’application BioMOBY et son annuaire de services bioinformatiques. Pour conclure, fort de l’expérience menée sur l’intégration et le partage, nous proposons une méthodologie adaptée aux besoins d’intégration pour des projets analogues.