L'analyse d'une filière alimentaire est une opération très complexe car, d'une part, elle repose sur de nombreux critères (environnementaux, économiques, sociétaux, nutritionnels, sanitaires, etc) et d'autre part, elle doit prendre en compte l'avis des différents acteurs de la filière (pouvoirs publics, industriels, centres techniques, organisations professionnelles, consommateurs, etc). Les objectifs des différents acteurs impliqués pouvant être divergents, la prise de décision relève de l'arbitrage. Cet arbitrage peut être fait par la recherche d'un compromis - une solution qui satisfait, au moins partiellement, tous les acteurs - ou en favorisant certains acteurs, en fonction des priorités des décideurs. Plusieurs questions méthodologiques sont ouvertes concernant la problématique de l'arbitrage dans les filières alimentaires: quel modèle utiliser pour représenter et prendre en compte des points de vue contradictoires? Comment prendre en compte les priorités exprimées par les différents acteurs ayant des préoccupations divergentes ? Comment peut-on résoudre les conflits pour atteindre un compromis au sein d'un système d'aide à la décision? Cet article propose une approche issue de l'intelligence artificielle pour formaliser les connaissances disponibles lors de la prise de décision. Il présente une méthodologie d'aide à la décision basée sur l'argumentation dans les filières alimentaires et un exemple tiré d'une étude de cas de type risques/bénéfices concernant la nature du blé à utiliser en panification française. Cette étude porte plus précisément sur la controverse engendrée par plusieurs acteurs de la filière concernant le changement possible de la teneur en cendres de la farine utilisée pour la fabrication du pain français de consommation courante.