Le processus de conception d’un syst`eme est compos´e de diff ´erentes ´etapes de validation. La validation est d’autant plus importante dans le contexte de syst `emes embarqu´es critiques, et donc soumis `a des contraintes temporelles strictes, comme c’est le cas pour la robotique sous-marine en milieu naturel. Notre méthodologie de conception démarre par l’étude théorique et finit bien sûr par les essais sur le terrain, mais le passage par la simulation est obligatoire afin de valider les concepts au plus tôt. De par l’augmentation de la complexité des missions et la difficulté qu’apporte l’expérimentation dans le milieu subaquatique, la simulation Hardware In- the-Loop (HIL) est un outil très précieux. Nous avons donc conçu un simulateur HIL de notre robot, qui est utilisé pour la validation de nos missions dans le cadre de l’étude de la biodiversité marine du lagon de Mayotte. Il est basé sur le middleware ContrACT, lui-même installé sur le système d’exploitation temps réel Linux Xenomai. Notre simulateur se veut le plus transparent possible afin de minimiser son impact sur le contrôle, mais également le plus précis possible dans les modèles et la gestion du temps afin de rendre la validation la plus réaliste.